从伊斯兰教传入新疆以来所形成的南疆以伊斯兰教为主要宗教，北疆以佛教为主要宗教的多种宗教并存格局，演变为以伊斯兰教为主要宗教的多种宗教并存的格局。

    藏传佛教(又称喇嘛教)是佛教传入西藏后，融合当地宗教而形成的具有藏族特点的佛教。藏传佛教于唐代随吐蕃传入新疆，但是受到东蒙古的阻碍等因素影响，藏传佛教日趋式微而终至湮灭。16世纪后期，卫拉特蒙古的一些贵族重新认识到藏传佛教的重要性，再次提出接受藏传佛教的要求。1640年，在卫拉特一一喀尔喀蒙古王公会议上，制订了著名的《蒙古一一卫拉特法典》(((察津必齐克》)，该法典以法律的形式确立藏传佛教的独尊地位。卫拉特蒙古信奉藏传佛教后，新疆地区的宗教格局也随之发生了变化，形成了天山南麓以伊斯兰教为主，天山北麓以藏传佛教为主的多种宗教并存的新格局。

    天主教传入新疆的具体时间不详。有史可考的第一位进入新疆的天主教传教士，是天主教耶稣会会士，葡萄牙人鄂本笃。基督教(新教)是近代传入新疆的西方宗教之一。据西方基督教会20世纪初的一项调查，在19世纪最后的20年，瑞典教会的传教士到达南疆地区，在那里同其他传教士一起传教近四分之一世纪。东正教是随俄罗斯人传入新疆的。18世纪后期，一些不堪沙皇俄国政府压迫的俄罗斯人，陆续迁来新疆。新疆现在仍保持着多种宗教并存的基本格局，伊斯兰教是新疆地区信仰人口最多，分布地域最广，社会影响力最大的宗教。

    从上述新疆宗教演变的历程我们可以看出，伊斯兰教在南疆存在的时间长，且处于主导地位，伊斯兰教对于南疆的发展更多的是表现在它消极的一面。在南疆广大落后地区，尤其是农村地区，人们把致富的希望寄托在“胡大”身上。虔诚的宗教意识对南疆维吾尔族人民的世界观产生了很大的影响，而且是祖祖辈辈的影响。