伊斯兰教于7世纪产生于阿拉伯半岛，创始人是出身麦加没落贵族家庭的穆罕默德。公元960年穆沙·阿尔斯兰汗宣布伊斯兰教为国教。公元926年穆沙·阿尔斯兰汗发动了对于闻王国的“圣战”，经过长期的围困，于闻王国于1006年灭亡。随着于闻王国的灭亡，佛教势力退出了塔里木盆地西部和南部地区。

    于闻王国灭亡后，新疆多种宗教并存的格局发生了巨大的转变。形成了南疆地区以伊斯兰教为主要宗教，北疆地区以佛教为主要宗教的格局。12世纪初，契丹人耶鲁大石在西域建立西辽政权。西辽统治下的中亚和新疆地区，民族众多，宗教情况复杂，其中伊斯兰教是信仰人数最多，影响力最大的宗教。西辽统治者采取了对各种宗教不加歧视、一视同仁的宗教宽容政策。从而使西辽境内各种宗教空前活跃起来。佛教随着契丹人重新回到了不久前被伊斯兰教逐出的各个地区。近代考古中发现，在西辽统治时期，其境内的摩尼教和犹太教也有了很大的发展，其中景教最活跃，发展速度最快。在佛教、景教等其他宗教向传统的伊斯兰教地区发展时，伊斯兰教也在利用西辽的宗教政策向非伊斯兰教地区传播。