帝师制度的建立及其赋有之特权为历代萨迎法主所承袭，总制院之设立以及后来改制为宣政院，都可视为藏传佛教势力在元朝政治地位之逐步加强。于是，本有功于元代政治建设的藏传佛教因为地位独尊、过分受宠于元廷而逐步走向了另一极端。

    〔一)权势过大，中央难以掌控

    宗教势力渗透政府工作，始于元朝历代君王之接受宗教教育。自忽必烈之后，元朝君王及其家眷，须受戒阪依，为佛弟子尤其皇帝本人，更是如此。即位之先便有受戒九次之说;新君即位，例颁《珍珠诏书》以示尊崇。

    早在八思巴时代，忽必烈就专设总制院。领之于帝师，专管全国释教和蕃地事务。人们只知藏区政教合一，殊不知元廷中央事实上早已是僧尼与吐蕃之政合一。八思巴圆寂〔1280年)以后，院使桑哥还嫌其位不尊，以“总制院统西番诸宣慰司军民财粟，事体甚重，品秩宜尊’夕为由，奏改为宣政院。

    宣政院成立后，命桑哥以开府仪同三司尚书右承相兼宣政院使领功德使司，其位甚崇，宣政院“秩从一品，用三台银印”，院使位居第二者必以僧为之，出帝师辟举，而总芝政于内外者，帅臣以下，亦必僧俗并用，而军民通摄。

    宣政院之职，大致为二:一为僧尼之政，一为吐蕃军民事务。惟其特殊之处在于，自从改制宣政院之后，不但品秩大大提高，而且与中书省、枢密院、御史台一样享有院政官司人“自为选’夕之特权!僧尼之讼，也自行处理，无须御史台过问。此外，还有单独用兵之权。这使得拥有中央人事、行政、司法大权的中书省、枢密院和御史台根本不能或者很少能够插手宣政院大小事务，中央权力架空，造成体制上对宣政院所辖之僧尼事务〔释教)和蕃地事务没有监控空间，势必会造成宣政院及其所辖势力范围之不法行为。

    〔二)影响社会治安、国家法度

    由于藏传佛教在元朝过于受宠，宣政院权势显赫，本已备受尊崇的僧尼阶层更加得势，少数僧人目无法纪，影响社会治安、破坏国家法度之事时有发生。僧人不但享有上述特殊的法律地位，而且可以无视法律之严肃与公正，操纵法律。其最大的表现在于是帝师或上层高僧常常以佛事为由请求释放重囚。

    元朝初忽必烈曾在八思巴的配合下派专人健全了骚站制度。而后来僧人往往以赴京为辞，任意来往，运输的都是将要贩卖营利的私货，选择最好的马匹，并超负荷地役使人畜。
    〔三)影响朝廷政治，导致国家衰败

    元廷崇佛，可谓“国策’夕之一。因此，凡与僧尼之事相关者，无不大开绿灯，毫无节制;自忽必烈始，历朝经常举行各种耗资巨大的佛事活动;动用国库修建各式各样的佛寺;对僧人赏赐钱帛土地、金银财宝样样不少，而且数量有增无减;刊印佛经所费金银无度等，使国库渐空，民用不足。《新元史》载郑介夫有“今国家财赋半入西番’夕之惊呼，不无道理!