经过长期的接触和交往，八思巴的人品学识、忠诚无畏终于赢得了忽必烈的完全信任。八思巴讲论佛法、追述祖德、讲述历史时，乘机利用古代吐蕃、西夏诸地君王崇信西藏佛教的历史传统来影响、启发忽必烈，从利用西藏佛教转变为崇信西藏佛教，认识到仿照帝王崇佛的古制对安邦定国的迫切性和重要性。

    1260年3月，忽必烈即大汗位，是年末，任命八思巴为国师，授玉印，令其统领天下释教。首先，蒙古王室一向需要宗教信仰，需要宗教领袖作为自己的精神支柱，忽必烈的元王朝也不例外。忽必烈时代与过去已有所不同，此时的国师不只是宗教上的领袖，而且是藏族地区政治代表;封授国师的目的是“因其俗而柔其人”，也就是“以蕃治蕃”，顺利而有效地统治吐蕃，故而国师人选必然在藏传佛教界产生。其次忽必烈在选择西藏佛教领袖时，并不是一开始就选中了八思巴，显然曾在蔡巴派〔蒙哥汗曾将此派分封给他)、噶玛噶举派和萨迎派当中寻觅，而噶玛噶举的噶玛拔希曾真正构成了八思巴的强大对手。好在老谋深算、世故多变的噶玛拔希错误估计了当时力量较弱的忽必烈王子的未来前程，弃他而走漠北，为八思巴留下了大展其才的自由场所。释道辩论使八思巴大出风头，名声大振。在忽必烈和阿里不哥的斗争中，噶玛拔希又站到了后者一边，这更是加深了忽必烈对八思巴的信赖和喜爱、对噶玛拔希的不满和仇怨。

    自从有国师这一正式身份，八思巴既是忽必烈一家的宗教导师，又是元朝高级幕僚。作为国师，八思巴在元朝政治中的的主要职能和贡献如下:

    首先，身为国师，他必须履行圣职，不时地为帝王、后妃、皇室人员传法授戒，传授灌顶，讲经说法，举行法会;等等，使忽必烈的元朝宫室具有浓郁的佛教氛围。

    其次，八思巴发现、培养了大批佛教人才，有些先从八思巴学佛，后经他举荐给忽必烈委以朝廷要职，这些人对元朝及吐蕃的政治、经济、文化发展作出过重要贡献。如恰那多吉。自1244年到凉州后，先得到萨班和八思巴始终如一的悉心照顾和培养，于1265年受封白兰王。

    最后，作为藏族地区代言人，八思巴还直接参予或影响了中央王朝对吐蕃的施政，为藏区完全统一于祖国立下了汗马功劳:

    一、协助建立吐蕃骚站。其目的在于联结内地至萨迎地方的交通路线，以使藏区政令通达，确保中央政府通过八思巴对西藏地方实现全面统治。

    二、获珍珠诏书，领总制院事。忽必烈自建立新王朝之初，就始终在思考“因其俗而柔其人”的治藏方略。1264年，忽必烈决定派八思巴和其弟白兰王恰那多吉返回萨迎去完成建立西藏行政体制的任务。临行前，忽必烈赐给八思巴一份酷似授权令的珍珠诏书。《珍珠诏书》将八思巴置于所有教派和地方领主之上的总的领导者地位，要求西藏僧俗人众通通遵从八思巴的管理。可见它实质上是一份委任状或授权书。从此以后，元朝历代皇帝即位都要赐给帝师珍珠诏书，这成为一种定制。

    从当时的情况看，忽必烈命八思巴领总制院事，掌天下释教和蕃地事务，建立西藏行政体制，绝不是象征性或名义上的;认为八思巴以及后来的帝师只是宗教领袖的观点不甚贴切。

    三、西藏行政区划—十三万户。八思巴第一次为忽必烈灌顶〔1253年)时，忽必烈所献的供养是十三万户。

    四、创制“八思巴字”。

    五、支持元朝中央统一全国。这可从两件事情得到充分的证实:一是在元朝攻打南宋之际，八思巴令其弟子胆巴作法事以助国威、军威;一是攻克南宋之后，八思巴所撰的贺表。